Onder leiding van Agent Dwayne Pride moet het NCIS-team uit New Orleans menig strafzaak in de militaire wereld oplossen. In een stad dat bekend staat om zijn decadentie, muziek en andere soorten van entertainment is dat nog niet zo makkelijk.
Het NCIS-team werkt samen met verschillende federale agentschappen om een sluipschutter op te sporen die het gemunt heeft op drukbezochte evenementen in de stad.
Pride krijgt nog meer tegenwerking van de FBI wanneer hij de voormalige inlichtingenanalist van de marine Elvis Bertrand (Tom Arnold) helpt, die de hoofdverdachte is in een meervoudige moordzaak.
Nadat een onderofficier dood wordt aangetroffen in een sportstadion, leidt bewijsmateriaal Pride en het NCIS-team naar een ontvoeringszaak van een onderofficier die het laatst gezien werd in Mexico.
Het NCIS-team moet een van hun eigen mensen redden nadat Sebastian ontvoerd is terwijl hij in een restaurant zat met zijn moeder Sylvia Lund (Wendie Malick).
NCIS en FBI onderzoeken de crash van een privévliegtuig in de bayou, waarbij drie matrozen omkwamen.
Het NCIS-team herziet onorthodoxe trainingsoefeningen nadat een kandidaat-Navy Seal weken voor zijn afstuderen vermoord wordt aangetroffen. Steven Weber speelt een gastrol.
Het NCIS-team onderzoekt de moord op een matroos tijdens een rumoerige motortocht in de stad. Lasalle vraagt Gregorio om advies over zijn persoonlijke leven. De band Blackberry Smoke treedt op.
Nadat een onderofficier en lid van de marineband van de VS in haar huis is vermoord, wordt Pride tijdelijk de voogd van het neefje van het slachtoffer, die de enige getuige van de misdaad is.
Nadat een marinekorporaal die amateurcoureur is, dodelijk verongelukt op het circuit, gaat het NCIS-team op onderzoek uit wanneer ze opzet vermoeden.
Pride moet een geliefde familievriend beschermen die verloofd is met de nummer één verdachte in de lopende kartelzaak van het NCIS en de FBI.
Sebastian wordt undercover gestuurd en Patton gebruikt zijn oude gokkunsten, terwijl Pride en het team met een gevaarlijke operatie proberen om Garcia (Julian Acosta) in de val te lokken.
Nadat Pride naar een booreiland reist voor een moordonderzoek, ontdekt het team een gaslek dat op het punt staat een catastrofale explosie te veroorzaken. Sebastian begint aan zijn opleiding.
Nadat duizenden geheime regeringsbestanden zijn gestolen, gaat het NCIS-team op zoek naar een ondergrondse groep hackers die mede is opgericht door Prides oude contact Elvis Bertrand (Tom Arnold).
NCIS-agenten McGee en Torres reizen naar New Orleans om samen met Pride en zijn team op zoek te gaan naar een vermist theoretisch terreurdraaiboek van Binnenlandse Veiligheid.
Een gruwelijke copycatmoord heropent een oude zaak voor Wade en roept pijnlijke herinneringen uit haar verleden op.
Prides oude vriendin, staats- en militair advocate Rita Devereaux (Chelsea Field), vraagt het NCIS de verdwijning te onderzoeken van een advocaat die gespecialiseerd is in geheime zaken.
Het team zoekt naar een marinier die zes mannen in een bar heeft aangevallen.
Tammy herenigt zich met haar ex-man, die niet alleen miljoenen aan hulpfondsen voor Katrina heeft verduisterd, maar ook in verband wordt gebracht met de moord op de zoon van een misdaadbaas.
Tijdens het onderzoek naar een dodelijk ongeval op een marinebasis ontdekt NCIS dat een eenheid van de Seabees vergiftigd werd met een besmettelijk supervirus.
